2013年12月28日土曜日

続報 次世代シーケンサーの精度

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2013年4月のPLOS ONEの論文
Revising a Personal Genome by Comparing and Combining Data from Two Different Sequencing Platforms

同じゲノムDNAを2つの次世代シーケンサーで読みましたという論文
使ったシーケンサーはSOLiDとイルミナ。
SOLiDで330万個、イルミナで362万個のSNVs(single nucleotide variants、DNA塩基配列の変異)を見つけた。
そのうち300万個は共通だったが、両方ともリファレンス配列と異なるものが6.8万個、illumina-specificなものが51万個、SOLiD-specificなものが21.9万個となっている。
つまり、1つのシーケンサー方式では、10%程度の間違いを生む可能性があるということ。

驚くほどのエラー率。
調べてみて初めて知った。
研究の現場では次世代シーケンサーを使うことはまだ普及していない、それが実感だ。
知りたい特定の遺伝子の配列だったら、PCRして、従来型のキャピラリーシーケンサーで読めば良いだけである。


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次世代シーケンサーの精度の話

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ちょっと前の論文なので、状況はより改善されているかもしれませんが。

2012年1月にNature Biotechnology に発表された論文
タイトルは
Optimized filtering reduces the error rate in detecting genomic variants by short-read sequencing.
http://www.nature.com/nbt/journal/v30/n1/full/nbt.2053.html

この実験では、ゲノム情報が全く同じはずの一卵性双生児の白血球から抽出したゲノムを利用して、2つのゲノムから得られたDNA断片をおのおの独立にリファレンス配列(既知のゲノム配列)にアライメントした。
(体細胞変異が起こる可能性は否定できないが、確率は20億分の1程度)


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2013年12月24日火曜日

あかんやろコレ!沖縄科学技術大学院大学(OIST)がバブってる

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http://ryukyushimpo.jp/news/storyid-216896-storytopic-3.html

大学院大、教授300人に 予算も確保、要望応え

(1)世界最高水準の機関にふさわしい規模、教授陣300人規模への拡充 (現在50人)

(2)14年度以降の200億円規模の予算確保

(3)研究結果を活用した知的産業集積の形成に向けた施策

これはあかんやろ!
と言う感じにきな臭くなってきましたね。

学長はJonathan Dorfanというもと素粒子科学者。
スタンフォードの線形加速器のディレクターだった人ですね。

この学長、年収6000万円であるとhttp://mitsuhiro.exblog.jp/17060709/

OISTは完全に外人の食い物になりつつありますね。
普天間基地などの基地負担を押し付けている代償として国民が払い続けている訳です。
(沖縄県の仲井真弘多知事が辺野古(沖縄県名護市)の埋め立て申請を承認した代償だったんですね)
でも、この大学、ほとんど沖縄人のためにはなっていませんね。
そもそも、お金自体が沖縄に落ちるわけではない。
つまり、沖縄経済は潤わない。

しかも、世界中から研究者を呼んでいるとのことですが、ほとんどは2流の研究者ばかりです。
一流研究者がわざわざ、アメリカやイギリスを離れて、日本の沖縄なんて場所で研究室を主催したいと思う分けないでしょうが!

選考過程もかなり不明瞭で、何故こんな人を採用したんだろうという人ばかりです。(特に外人研究者はそんなのばかり)

もういい加減、こんな茶番劇やめればいいのに。

でも国策ならOISTは、富める者がより富むサイクルに突入しているわけで、
皆でOISTニイキマショウトイウコトデ。

中国の不動産バブルを見ている感じでしょうか。いつかははじけるけど、それまでは皆ハッピーw

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2013年12月4日水曜日

2300万円支給の若手研究者を倍増 文科省が支援策拡充

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2300万円支給の若手研究者を倍増 文科省が支援策拡充 

http://www.nikkei.com/article/DGXNZO63499990S3A201C1TJM000/

2300万円は研究費ですからねお間違いなく。

この流れは当分続くだろうね。

どう考えたって、現状の若手のポスト難は将来的に損失だろうし。
振れた振り子は逆に振れるもんです。

ただ、テニュアトラックなので、その中で勝ち残らなければなりません。
若手研究者のハイスッペク化が静かにおこっていくでしょう。

今、現役の教授ってすごい人もいますけど、とんでもないのもいますから。


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2013年12月1日日曜日

自信がないとういう病

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自信がないとか、将来が不安であるとか。

最近の学生さんを見てると”自信がないという病”に罹患しているように見えます。

誰しも最初から自信があるわけはありません。
培っていくものです。

ちょっと賢ぶって、統計的には大企業に入社したほうが、生涯年収がいくら高いとかいいますが、ほとんど誤差です。
しかも、個々人の将来なんてわかるわけないのです(統計的に見る事にほとんど意味はありません)。

大企業でも倒産すればそれまでですし、会社内の主流からはずれたら、それはそれでつらい。

安定した仕事に就きたいといいますが、
公務員にしても大企業にしてもその競争率はめちゃくちゃ高いわけです。

その就職戦線に勝利しても、仕事が楽しい訳ではないのです(公務員の仕事なんて、楽でしょうが、楽しくはないですよね)。

安定は面白いということと対極にあります。

研究でもそうです。実用研究にはロマンはありません。来る日も来る日も、網羅的に物質をかえて実験してといった作業の繰り返しです。必要性はあります。誰かがやらなければならない仕事ですがね。

企業の創薬も、候補物質のスクリーニングにつぐスクリーニングです。アイデアを試す機会はほとんどありません。時間・経済効率性が問われるわけで、面白い訳ありません。
全てはトレードオフです。

面白いなと思う事を単純にやってみることが吉です。
迷ってる間に人生終わっちゃいますしね。

今日は、アカデミアに進むことを煽ってみました。
(アカデミアでなくてもいいんですがね。ベンチャー立ち上げるとかもおもしろそう。)
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